1、ICS65.020.30CCSB 4015内蒙古自治区地方标准DB15/T 44702026奶山羊基因组选择育种技术规程Technical code of practice with breeding genomic selection for dairygoats2026-07-10 发布2026-08-10 实施内蒙古自治区市场监督管理局 发 布DB15/T 44702026I前言本文件按照GB/T 1.12020标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草规则的规定起草。请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别这些专利的责任。本文件由内蒙古自治区农牧厅提出。本文件
2、由内蒙古自治区畜牧业标准化技术委员会（SAM/TC 19）归口。本文件起草单位：内蒙古自治区农牧业科学院、西北农林科技大学、内蒙古自治区农牧业技术推广中心、青岛农业大学、内蒙古盛健农牧业工程技术研究有限公司。本文件主要起草人：赵启南、李聪、纳钦、孟子琪、杨磊、刘军、王小龙、周世卫、陈婷、张自强、张耀支、白帆、菅瑞珍、陈娜、刘敏、李雪、郭煜、李和刚、王建光。DB15/T 447020261奶山羊基因组选择育种技术规程1范围本文件规定了奶山羊基因组选择育种技术操作流程。本文件适用于规模化奶山羊场基因组选择育种。2规范性引用文件下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注
3、日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。GB/T 40184畜禽基因组选择育种技术规程NY/T 1236种羊生产性能测定技术规范NY/T 1673畜禽微卫星DNA遗传多样性检测技术规程NY/T 1872种羊遗传评估技术规范3术语和定义下列术语和定义适用于本文件。3.1基因组选择genomic selection利用覆盖全基因组的遗传标记估计或预测奶山羊个体育种值，实现个体遗传评估并进行种用个体选择的方法。3.2参考群reference population由同时具有基因组信息与表型测定信息的奶山羊个体所组成的群体。3.3候
4、选群candidate population仅具有基因型信息、需利用参考群建立模型预测其个体育种值的奶山羊群体。3.4基因组估计育种值genomic estimated breeding value(GEBV)基于奶山羊全基因组标记信息估计的个体育种值。4操作流程4.1参考群的建立4.1.1群体规模具有完整系谱和泌乳记录的奶山羊500只以上。DB15/T 4470202624.1.2遗传背景参考群个体应与候选群个体具有亲缘关系，并能代表目标育种群体的遗传多样性。优先选择同一品种或品系的个体。4.2表型与系谱数据采集4.2.1产奶性状测定按照NY/T 1236的规定，测定参考群个体中母羊的指标。
5、300 d产奶量：以泌乳期前300 d的累计产奶量（kg）为准。若泌乳天数不足300 d，参照附录A的校正系数进行校正。乳成分：包括乳脂率、乳蛋白率、乳糖率、体细胞数，采用乳成分分析仪测定。4.2.2系谱信息登记按照NY/T 1872的规定，记录个体编号、父亲编号、母亲编号、出生日期、出生场等信息。4.3基因型样本采集与测定4.3.1样本采集4.3.1.1采集方式血液样品使用EDTA-K抗凝真空采血管，从颈静脉采集5 mL血液，或者采集耳组织样品，使用专用耳标钳或采样钳，采集耳组织块约20 mg。4.3.1.2防污染要求每个个体采样工具应独立且用75%乙醇消毒，避免不同个体间的DNA交叉污染。
6、4.3.1.3样品标记采样后立即在样品管或样品袋上标注唯一编号，并与个体耳号、父母信息、采样日期等一一对应记录。4.3.1.4保存与运输血液样品采集后应轻轻颠倒混匀58次，于4 暂存，并在24 h内转移至-20 以下冷冻保存；耳组织样品应于-20 以下冷冻保存；运输时应在冻结状态下使用冰盒或干冰运输，并避免反复冻融。4.3.2DNA 提取按照NY/T 1673的规定执行。4.3.3基因分型按照GB/T 40184的相关规定，可采用全基因组SNP芯片或全基因组重测序方法进行基因分型，其中SNP芯片的标记密度不低于50K，全基因组重测序的平均测序深度不低于1。基因分型完成后参照附录B进行数据质控。
7、4.4候选群个体评估与留种4.4.1候选群个体确定DB15/T 447020263奶山羊候选群的选择应根据具体的育种目标，选取健康、无疾病、体型外貌符合品种特征的个体进入候选群。4.4.2候选群基因型测定按照本文件4.3要求执行。4.4.3个体基因组估计育种值（GEBV）计算采用GBLUP模型计算候选个体的GEBV，模型公式、G矩阵计算方法、求解步骤见附录C。模型训练完成后，应采用五折交叉验证评估预测准确性。4.5种用个体选留4.5.1综合选择指数应考虑个体的GEBV排名，并控制基因组近交系数低于0.0625。综合选择指数计算方法按照附录D。4.5.2留种比例留种公羊选前5%10%，留种母羊选
8、前20%30%。DB15/T 447020264附录A（资料性）奶山羊产奶量 300 d 校正方法及系数A.1校正方法若母羊泌乳天数不足300 d，按照实际泌乳期产奶量（kg）乘以校正系数的方法校正到300 d产奶量。A.2校正系数表校正系数表见表A.1。表 A.1校正系数表泌乳天数校正系数泌乳天数校正系数泌乳天数校正系数泌乳天数校正系数2101.56592331.29212561.13682791.0472111.552341.28272571.13212801.04412121.53422351.27342581.12752811.04122131.51842361.26612591.12
9、282821.03842141.50252371.25872601.11822831.03552151.48672381.25142611.11362841.03272161.47472391.2442621.10892851.02982171.46272401.23672631.10432861.02772181.45072411.22922641.09962871.02552191.43872421.2222651.0952881.02342201.42872431.21462661.09132891.02122211.41472441.20732671.08772901.01912221
10、40272451.19992681.0842911.0172231.39072461.19412691.08042921.01482241.37872471.18822701.07672931.01272251.36672481.18242711.0732941.01052261.35742491.17652721.06942951.00842271.3482501.17072731.06572961.00672281.33872511.16482741.06212971.0052291.32942521.1592751.05842981.00342301.32012531.15312761
11、05552991.00172311.31072541.14732771.0527-2321.30142551.14142781.0498-DB15/T 447020265附录B（资料性）基因型数据质控要求B.1SNP 位点过滤标准对原始分型数据进行以下过滤，保留满足全部条件的位点：SNP位点呼叫率90%；最小等位基因频率（MAF）0.01。B.2个体过滤标准个体样本呼叫率90%。B.3数据格式推荐使用PLINK二进制格式（.bed/.bim/.fam）或VCF格式存储。DB15/T 447020266附录C（规范性）GEBV 的估计方法与模型C.1GBLUP 模型公式采用基因组最佳线性无偏预
12、测（GBLUP）模型，见公式（C.1）。y=Xb+Zg+e(C.1)式中：y参考群个体的表型值向量；b固定效应向量；g个体的基因组估计育种值（GEBV）向量，服从gN(0,G2g)；e残差向量，服从eN(0,Ie)；X,Z分别为固定效应和随机效应的关联矩阵。C.2基因组关系矩阵（G 矩阵）个体i和j之间的G矩阵元素计算，见公式（C.2）。=1=1(2)(2)2(1)(C.2)式中：NSNP标记总数；xik 个体i在第k个SNP位点的基因型，编码为0、1或2；pk 第k个SNP位点的最小等位基因频率（MAF）。C.3GEBV 求解通过求解以下混合模型方程组获得GEBV（），见公式（C.3）。+1
13、C.3)式中：=e/g。方差组分g和e采用限制性极大似然法（REML）估计。C.4模型验证应采用五折交叉验证评估预测准确性。将参考群随机分为5等份，轮流用4份训练模型、1份验证，计算预测GEBV与验证集表型值的Pearson相关系数r，并结合性状遗传力h进行校正，预测准确性按r/h计算。DB15/T 447020267附录D（规范性）综合选择指数D.1计算公式计算方法见公式（D.1）。=1 +2 +3 (D.1)式中：I综合选择指数；GEBVmilk 产奶量的GEBV；GEBVfp乳脂率的GEBV；GEBVpp乳蛋白率的GEBV；w,w,w各性状的经济权重，由育种场根据市场需求自行确定。D.2说明综合选择指数值越大，表示个体综合遗传潜力越高。育种场可根据自身育种目标调整纳入的性状及权重。
