1、ICS 11220B 41 a雪中华人民共和国国家标准GBT 229 1 62008水泡性口炎病毒荧光RTPCR检测方法Protocol of fluorogenic RTPCR for vesicular stomatitis virus2008-12-31发布 20090501实施丰瞀徽鬻瓣警雠赞星发布中国国家标准化管理委员会“”刖 置GBT 229 1 62008本标准参考了世界动物卫生组织(OIE)陆生动物诊断试验和疫苗手册(哺乳动物、禽鸟与蜜蜂)(第5版)。本标准的附录A为规范性附录,附录B为资料性附录。本标准由中华人民共和国农业部提出。本标准由全国动物防疫标准化技术委员会归口。本标
2、准起草单位:中华人民共和国深圳出入境检验检疫局、中华人民共和国云南出入境检验检疫局。本标准主要起草人:花群义、周晓黎、曾少灵、曹琛福、詹爱军、张彩虹、林庆燕、陈兵、杨云庆、孙洁。1范围水泡性口炎病毒荧光RTPCR检测方法本标准规定了水泡性口炎病毒荧光RT-PCR检测的操作方法。本标准适用于动物及其产品中水泡性口炎病毒的检测。2缩略语下列缩略语适用于本标准。21荧光RT-PCR荧光反转录一聚合酶链反应。22 Ct值每个反应管内的荧光信号达到设定的阈值时所经历的循环数。23 RNA核糖核酸。24 DEPC焦碳酸磷酯。25 PBS磷酸盐缓冲盐水(配方见附录A)。26 Taq酶TaqDNA聚合酶。27
3、 VSV水泡性口炎病毒。3原理GBT 229 1 62008水泡性口炎病毒属RNA病毒,根据水泡性口炎病毒两型共有基因特定的序列,合成一对特异性引物和一条特异性的荧光双标记探针。通过严格设计和筛选的引物和探针,涵盖水泡性口炎病毒的两个型和突变株,为水泡性口炎病毒的特异性通用引物和探针。探针的5端标记FAM荧光素,它发出的荧光能够被检测仪器接收,称为报告荧光基团;3端标记TAMRA荧光素,它在近距离内能吸收5 7端报告荧光基团发出的荧光信号,称为淬灭荧光基团。在扩增时,Taq酶发挥它的5一3端外切核酸酶的功能,将探针水解成单核苷酸,消除阻碍,标记在探针两端的报告荧光基团和淬灭荧光基团均游离于溶液
4、中,仪器检测到发出的荧光信号。4材料与试剂41仪器与器材411荧光RTPCR检测仪。412高速台式冷冻离心机(离心速度12 000 rrain以上)。413台式离心机(离心速度3 000 rmin)。414混匀器。415冰箱(28和一20两种)。416微量可调移液器(5 vL,10 vL,100“L,1 000 pL)及配套带滤芯吸头。】GBT 229162008417 Eppendorf管(15 mL)、透明薄壁PCR管(o2 mL)。42试剂421 除特别说明以外,本标准所用试剂均为分析纯,所有试剂均用无RNA酶污染的容器(用DEPC水处理后高压灭菌)分装。422三氯甲烷。423异丙醇:一
5、20预冷。424 PBS:配方见附录A。425 75乙醇:用新开启的无水乙醇和DEPC水配制,-20预冷。426水泡性口炎病毒荧光RTPCR检测试剂盒:组成、功能及使用注意事项参见附录B。427 引物:上游引物为5 7 ATGGCTccTAcAGTTAAGAGAATCA_3,下游引物为5-TGAAGTAATCAGCCGGGTATTC3。428荧光双标记探针(10 vmolL):(FAM)5-CGAAATTACCGGCCA AcGAGGATc_3 7(TAMAR)。扩增目标片段长度为97 bp。5抽样51采样工具511下列采样工具应经121土2,15rain高压灭菌并烘干。512棉拭子。513剪
6、刀、镊子。514注射器。515 15 mL EppendoH管。516研钵。52样品采集521 采集的样品主要是口腔、蹄冠上的水泡上皮组织、水泡液、血液、口腔分泌物和组织。采集后立即冷藏送检或放入含抗生素的PBS缓冲液中于4环境中保藏。编号并作好记录。522水泡液及水泡皮:只有当水泡完整时才能采集到水泡液。水泡一旦出现很快就会破溃,所以要不失时机地采集水泡液。首先用75酒精轻轻消毒水泡表皮,尽量去掉污物,用灭菌生理盐水擦去酒精,然后用无菌注射器穿刺水泡吸取水泡液,置于含抗生素的PBS缓冲液灭菌瓶中。523水泡液采取后,将水泡皮以无菌术剪下,放人含抗生素的PBS缓冲液中。若水泡已经破溃,则只能采
7、集破溃的水泡皮,用灭菌生理盐水涮洗掉水泡皮上的污物,放人上述缓冲液中。524口腔分泌物和咽喉拭子:用拭子采取VI腔分泌物或将拭子深人口腔内来回刮3次5次取分泌液,拭子一并放人盛有10mL含抗生素的PBS缓冲液的15mL Eppendor管中。也可用食道探杯刮取咽喉液体,放人加有抗生素的PBS中。编号,冷藏送检或低温保藏。525血液:用真空采血管或无菌注射器直接采取至无菌Eppendorf管中,密封、编号后保存于4环境中送检。526肌肉或组织脏器:无菌采集待检样品,装入一次性塑料袋或其他灭菌容器,编号,冷藏送检或低温保藏。53样品贮运样品采集后,放入密闭的塑料袋内(一个采样点的样品,放人一个塑料
8、袋内),于保温箱中加冰、密封,送实验室。54样品制备541水泡液、口腔分泌物、血液和精液样品在混匀器上充分混合后,用高压灭菌镊子将拭子中的液体挤出,室温放置30 rain,取上清液转GBT 229 1 62008人无菌的15mLEppendorf管中,编号备用。542水泡皮、肌肉或组织脏器取待检样品20 g于洁净、灭菌并烘干的研钵中充分研磨,加10 mL PBS混匀,4下以3 000 rmin离心15 rain,取上清液转入无菌的15 mL Eppendorf管中,编号备用。55样本存放制备的样本在28条件下保存应不超过24 h,若需长期保存应置于一70以下,但应避免反复冻融(冻融不超过三次)
9、。6操作方法61实验室要求水泡性口炎病毒荧光RTPCR检测的实验室分为三个相对独立的工作区域:样本制备区、反应混合物配制区和检测区;各工作区域应有明确标记,避免不同工作区域内的设备、物品混用;每一区域应有专用的仪器设备;进入各个工作区域应严格遵循单一方向顺序,即只能从样本制备区、扩增反应混合物配制区至检测区。62样本的处理621在样本制备区进行。样品中总RNA提取的试剂盒,有商品化试剂盒出售,也可自行配制。622取n个灭菌的15mL Eppendorf管,其中n为被检样品、阳性对照与阴性对照的数量之和(阳性对照、阴性对照在试剂盒中已标出),编号。623每管加入600 pL裂解液,分别加入被检样
10、本、阴性对照、阳性对照各200 pL,一份样本换用一个吸头,再加入200 pL三氯甲烷,在混匀器上振荡混匀5 s(不能过于强烈,以免产生乳化层,也可以用手颠倒混匀)。于4以12 000 rmin离心15 min。624取与622相同数量灭菌的15 mL Eppendorf管,加入500 pL异丙醇(一20预冷),做标记。吸取623各管中的上清液转移至相应的管中,上清液应至少吸取500 pL,不能吸出中间层,颠倒混匀。625于4、以12 000 rmin离心15 min(Eppendorf管开口保持朝离心机转轴方向放置),小心倒去上清液,倒置于吸水纸上,沾干液体(不同样品应在吸水纸不同地方沾干)
11、;加入600 pI。75乙醇,颠倒洗涤。626于4、以12 000 rmin离心10min(Eppendorf管开口保持朝离心机转轴方向放置),小心倒去上清液,倒置于吸水纸上,尽量沾干液体(不同样品应在吸水纸不同地方沾干)。627以4 000 rmin离心10 s(Eppendorf管开口保持朝离心机转轴方向放置),将管壁上的残余液体甩到管底部,小心倒去上清液,用微量加样器将其吸干,一份样本换用一个吸头,吸头不要碰到有沉淀一面,室温干燥3 min,不能过于干燥,以免RNA不溶。628各管加入11 pLDEPC水,轻轻混匀,溶解管壁上的RNA,以2 000 rmin离心5 S,冰上保存备用。提取
12、的RNA应在2 h内进行PCR扩增;若需长期保存应放置于一70冰箱内。63检测631扩增试剂准备在反应混合物配制区进行。从试剂盒中取出相应的荧光RT-PCR反应液、Taq酶,在室温下融化后,以2 000 rmin离心5 S。设所需荧光RT-PCR检测总数为n(n-“+2+1),其中“为被检样品数、2为阳性对照数、1为阴性对照数,每个样品测试反应体系配制见表1。GBT 229162008表1 反应体系混合液的配制序号 组 分 每管用量pL ”管总用量pLl 荧光RT PCR反应液(2) 25 n252 Taq酶 l nXl3 RT PCR反转录酶颗粒 12(颗) nX 12(颗)4 RNA酶抑制
13、剂(RNasin) 1 n1ROX参考染料5 1 n1(ROX reference dye)6 DEPC水 12zL n12632反应体系混合液分装根据测试样品的总数(n),计算好各试剂的使用量,加入到适当体积的试管中,向其中加入n12(颗)RT_PcR反转录酶颗粒,充分混合均匀,向每个PCR管中各分装40pL,转移至样本处理区。633加样在样本处理区进行。在各设定的PCR管中分别加入628中制备的RNA溶液10 pI。,盖紧管盖,以500 rmin离心30 s。将PCR管放于96孔板上,一定要按顺序记录好被检样品管、阳性对照管、阴性对照管,转移至检测区。634荧光RT-PCR检测6341 在
14、检测区进行。将632中离心后的PCR管放人荧光RTPCR检测仪内,记录样本摆放顺序。在96孔板内(表内)记录或填写被检样品(Unknown)、阳性对照(PC)、阴性对照(NTC)。设置探针:5为FAM,3为TAMAR。6342循环条件设置:第一阶段,反转录4230 min;一第二阶段,预变性923 min;第三阶段,9210 S,4530 s,721 mln,5个循环;第四阶段,9210 S,6030 s,40个循环,在第四阶段每个循环的退火延伸时收集荧光。试验检测结束后,根据收集的荧光曲线和c值判定结果。7结果判定71 结果分析条件设定直接读取检测结果。基线和阈值设定原则根据仪器噪声情况进行
15、调整,以阈值线刚好超过正常阴性样品扩增曲线的最高点为准。72质控标准721阴性对照无c值,并且无扩增曲线,一直为水平线。722阳性对照的c值应小于280,并出现典型的扩增曲线,2个阳性对照扩增曲线基本重合,否则,此次实验视为无效。73结果描述及判定731 阴性无c值并且无扩增曲线,表示样品中无水泡性口炎病毒。732阳性Cf值小于等于300,且出现典型的扩增曲线,表示样品中存在水泡性口炎病毒。733有效原则c值在30o355的样本建议重做。重做结果无c值或大于350者为阴性,否则为阳性。4A1 A液附录A(规范性附录)试剂的配制GBT 229 1 62008o2 molL磷酸二氢钠水溶液:磷酸二
16、氢钠(NaHzPO;H z0)276 g,溶于蒸馏水中,最后稀释至1 000 mL。A2 B液o2 molL磷酸氢二钠水溶液:磷酸氢二钠(Na:HPO。7HzO)536 g(或NazHPOt12HzO716 g,或NazHPOt2HzO 356 g),加蒸馏水溶解,最后稀释至1 000mL。A3 001 molL、pH72磷酸盐缓冲盐水(PBS)的配制取A液14 mL,B液36 mL,加氯化钠(NaCD 85 g,用蒸馏水稀释至1 000 mL。经12115 rain高压灭菌,冷却后,无菌条件下按每毫升加入l 000 IU青霉素、1 000 pg链霉素。SGBT 229162008附录B(资料
17、性附录)试剂盒的组成B1试剂盒组成每个试剂盒可做48个检测,包括以下成分:裂解液DEPC水RTPCR反应液(内含水泡性口炎病毒的引物、探针)RTPCR酶Taq酶阴性对照阳性对照(非感染性体外转录RNA)ROX参考染料(ROX reerence dye)30mL1盒2mL1管750“L1管2颗粒12管12*L1管1mL1管2mLXl管01mLXl管B2说明B21裂解液的主要成分为异硫氰酸胍和酚,为RNA提取试剂,外观为红色液体,于4保存。B22 DEPC水是用1DEPC处理后的去离子水,用于溶解RNA。B23 RTPCR反应液中含有特异性引物、探针及各种离子。B3功能试剂盒可用于动物组织样品(包括水泡皮、水泡液、组织、脏器、分泌物、血液等)中水泡性口炎病毒的检测。B4使用时的注意事项B41 在检测过程中,应严防不同样品间的交叉污染。B42反应液分装时应避免产生气泡,上机前检查各反应管是否盖紧,以免荧光物质泄露污染仪器。B43 RT PCR酶颗粒极易吸潮失活,应在室温条件下置于干燥器内保存,使用时取出所需数量,剩余部分立即放回干燥器中。